孔唇兰植株矮小，高10-12厘米。外形很像角盘兰属的植物。块茎圆球形，肉质，不裂，直径约1厘米。茎纤细，直立，基部具1枚叶，叶之下具2枚筒状鞘。叶片线状披针形，直立伸展，长约7厘米，宽约8毫米，先端钝，基部成抱茎的鞘。总状花序顶生，具几朵疏生的花；花苞片小，宽卵形，较子房短很多；子房纺锤形，扭转，无毛，连花梗长5-6毫米；花小，黄绿色或淡绿色；中萼片直立，卵形，凹陷呈舟状，长2.5毫米，宽约1.5毫米，先端钝，具1脉，与花瓣靠合呈兜状；侧萼片反折或张开，斜狭卵形，长3毫米，宽1.5毫米，先端钝，具1脉；花瓣直立，斜卵形，长2毫米，宽1毫米，先端钝，具1脉；唇瓣向前伸展，舌状不裂，长2.8毫米，基部宽1.5毫米，无距，基部扩大和在内面具2个孔，向先端渐狭，先端钝；蕊柱短；花药很大，近呈兜状，药隔窄，药室稍小，侧生；花粉团2个，为具小团块的粒粉质，具短的花粉团柄和裸露的粘盘；蕊喙很大，三角形，具伸展的侧裂片；柱头1个，不裂，垫状，不贴生于蕊喙；退化雄蕊2个，小，位于花药基部两侧。花期7月。