日本小檗落叶灌木，一般高约1米，多分枝。枝条开展，具细条棱，幼枝淡红带绿色，无毛，老枝暗红色；茎刺单一，偶3分叉，长5-15毫米；节间长1-1.5厘米。叶薄纸质，倒卵形、匙形或菱状卵形，长1-2厘米，宽5-12毫米，先端骤尖或钝圆，基部狭而呈楔形，全缘，上面绿色，背面灰绿色，中脉微隆起，两面网脉不显，无毛；叶柄长2-8毫米。花2-5朵组成具总梗的伞形花序，或近簇生的伞形花序或无总梗而呈簇生状；花梗长5-10毫米，无毛；小苞片卵状披针形，长约2毫米，带红色；花黄色；外萼片卵状椭圆形，长4-4.5毫米，宽2.5-3毫米，先端近钝形，带红色，内萼片阔椭圆形，长5-5.5毫米，宽3.3-3.5毫米，先端钝圆；花瓣长圆状倒卵形，长5.5-6毫米，宽3-4毫米，先端微凹，基部略呈爪状，具2枚近靠的腺体；雄蕊长3-3.5毫米，药隔不延伸，顶端平截；子房含胚珠1-2枚，无珠柄。浆果椭圆形，长约8毫米，直径约4毫米，亮鲜红色，无宿存花柱。种子1-2枚，棕褐色。花期4-6月，果期7-10月。