矮慈姑一年生，稀多年生沼生或沉水草本。有时具短根状茎；匍匐茎短细，根状，末端的芽几乎不膨大，通常当年萌发形成新株，稀有越冬者。叶条形，稀披针形，长2-30厘米，宽0.2-1厘米，光滑，先端渐尖，或稍钝，基部鞘状，通常具横脉。花葶高5-35厘米，直立，通常挺水。花序总状，长2-10厘米，具花2（-3）轮；苞片长2-3毫米，宽约2毫米，椭圆形，膜质：花单性，外轮花被片绿色，倒卵形，长5-7毫米，宽3-5毫米，具条纹，宿存，内轮花被片白色，长1-1.5厘米，宽1-1.6厘米，圆形或扁圆形；雌花1朵，单生，或与两朵雄花组成1轮，心皮多数，两侧压扁，密集成球状，花柱从腹侧伸出，向上；雄花具梗，雄蕊多，花丝长短、宽窄随花期不同而异，通常长1-2毫米，宽0.5-1毫米，花药长椭圆形，长约1-1.5毫米。瘦果两侧压扁，具翅，近倒卵形，长3-5毫米，宽2.5-3.5毫米，背翅具鸡冠状齿裂；果喙自腹侧伸出，长1-1.5毫米。花果期5-11月。2n=22。