黑种草一年生草本，高35-60厘米。茎有疏短毛，中上部多分枝。叶为一回或二回羽状深裂，裂片细，茎下部的叶有柄，长2-3毫米，上部无柄。花单生枝顶，花萼5个，淡蓝色，形如花瓣，长8-12毫米，椭圆状卵形，基部逐渐变窄成爪；二唇形，上唇比下唇短小，其先端逐渐窄成线形，下唇2深裂，中部变宽，先端和中部有瘤状突起；雄蕊多数，花药处部钝或微渐尖；心皮通常5，基部合生成一复子房。果膨胀，基部合生几达中部而形成蒴果，长1.5-2厘米，顶端开裂，先端喙长8-10毫米。种子多数，扁三棱形，黑色，表面粗糙或有小点。花期6-7月，果期8月。