日本木瓜矮灌木，高约1米，枝条广开，有细刺；小枝粗糙，圆柱形，幼时具绒毛，紫红色，二年生枝条有疣状突起，黑褐色，无毛；冬芽三角卵形，先端急尖，无毛，紫褐色。叶片倒卵形、匙形至宽卵形，长3-5厘米，宽2-3厘米，先端圆钝，稀微有急尖，基部楔形或宽楔形，边缘有圆钝锯齿，齿尖向内合拢，无毛；叶柄长约5毫米，无毛；托叶肾形有圆齿，长1厘米，宽1.5-2厘米。花3-5朵簇生，花梗短或近于无梗，无毛；花直径2.5-4厘米；萼筒钟状，外面无毛；萼片卵形，稀半圆形，长4-5毫米，比萼筒约短一半，先端急尖或圆钝，边缘有不显明锯齿，外面无毛，内面基部有褐色短柔毛和睫毛；花瓣倒卵形或近圆形，基部延伸成短爪，长约2厘米，宽约1.5厘米，砖红色；雄蕊40-60，长约花瓣之半；花柱5，基部合生，无毛，柱头头状，有不显明分裂，约与雄蕊等长。果实近球形，直径3-4毫米，黄色，萼片脱落。花期3-6月，果期8-10月。